但是1912年，十三世**从大吉岭回藏以后，**与班禅之间的关系，逐渐恶化其原因是：1915年，**在日喀则设立了基宗（相当于内地行政专员公署），任命僧官罗桑敦主、俗官木霞二人为基宗（后藏总官）

基宗的职权很大，他们除管辖**在后藏的所有宗溪之外，也管辖班禅所属四个宗和所有溪卡，这就侵犯了班禅的固有地位和职权在设立了基宗之后，即向班禅辖区的百姓征收与摊派军粮税款和乌拉这样就使班禅与**这间的关系日趋恶化

1916年班禅写信给**，指出基宗干涉寺政不当，并要求会晤，解决问题，**复信拒绝到了1919年春，**同意班禅去拉萨会晤，但无结果

这样，一直到了1923年，**命令扎什伦布寺的几个负责官员前往拉萨，这几个官员到拉萨后，未经审问，即被投入监狱当班禅得知这一消息后，感到是大祸临头的先光，如不逃走，势将危及自己的生命安全于是立即决定，向内地出走但他怕日喀则基发觉，作了必要安排1923年11月15日夜，九世班禅领侍从15人，向北出走，无人知晓三日之后，即11月18日晚，九世班禅的苏本堪布罗桑坚赞等100余人乘月色逃出，追赶班禅，疾行五日夜，才会合一起，直向藏北羌塘前进由那里越唐古拉山脉，即入青海境内

1924年农历5月4日到达兰州，甘肃督军陆洪涛率领官员、军队数千人在兰州郊外迎接班禅经过的街道皆用黄布铺路，扎了彩色牌坊，“备极庄严”北洋政府大总统曹锟特派李乃芬为“迎护专员”，率卫队百人由北京前来兰州欢迎，此后一直在外流亡，西藏事务由，十三世**喇嘛把持，他奉行的是“骑墙政策”，两边观望的态度，后世一直在外高分裂活动的是第十四世**喇嘛，叫丹增嘉措