1939年10月1曰，在中央的主导下内蒙古军区进行了重组，重组后的内蒙古军区的分工更加的精细了，整个军区除司令员和政治委员外，还下设武装部、参谋部、政治部、后勤部、军工部、情报部、教育部七个部门。韩云华依然担任内蒙古军区司令员，但是政治委员却由115师政治委员罗荣桓调任，左权担任内蒙古军区参谋长。同时中央还对内蒙古军区现有的领导班子进行了调整，武装部主任由程子华调任、参谋长也就是参谋部的总负责人，所以不设部长主任。政治部主任由冀中军区政治委员沈玉泉担任、后勤部主任由杨瑞华继续担任、军工部主任则是由叶保国担任、情报部门依然还是由钱壮飞担任、教育部主任依然是由刘明远继续担任，这样一来整个内蒙古军区的高层干部除了叶保国和钱壮飞外，剩下的都是中央先后从各个部队调来的，其中包括沈玉泉、郭卫东等人。这些高层领导里面除了钱壮飞是韩云华特意要求的外，剩下的全部由中央决定，包括叶保国和杨瑞华。
同时在中央的支持下，韩云华在很短的时间内完成了对内蒙古军区所有部队的整编，整编后的内蒙古军区保留十个步兵师、四个骑兵师、两个炮兵旅、一个读力机械化旅、四个读力警卫团、一支特战队、同时还保留了22个地方保安团。
而每支部队的编制也进行了大范围的调整，韩云华根据战场的需要以及内蒙古军区自身的特点，将每个步兵师的编制调整成两旅六团制的加强步兵师，也就是说内蒙古军区的每一个步兵师都有两个步兵旅，每一个步兵旅都有三个步兵团，除此之外还有骑、炮、工、警卫各一个团，除了步兵团两千五百人的编制外，剩下的骑兵团一千三百人、炮兵团一千五百人、警卫团一千两百人、工兵团一千两百人，加上师部的尖刀营、通讯连、卫生连等部队，全是总兵力满员为两万一千二百人。
相对于步兵师而言，骑兵师的编制就要简单的多了，内蒙古军区的每一个骑兵师都只有四个一千五百人的骑兵团和一个一千二两人的火力支援团，全是总兵力为八千人。
最重要的是韩云华对特战队也进行了调整，将现有的飞龙、雄鹰、猎豹、雏凤四个特战中队全部升格为大队，每个大队下设三个特战中队，每一个特战中队下设四个特战小队和一个教导小队。每个教导小队下辖四个13人的战斗组，其中教导小队原则上是不参加战斗的，主要是留在塞北军事指挥学院进行教学工作，为特战队不断地输送人才。尽管每一个特战大队的人数只有六百人左右，但是整个特战大队的规格为旅级军事单位。
对于内蒙古军区各部队的军政主官党中央也进行了通盘考虑，决定调129师政训处主任张浩、385旅副旅长王维舟、385旅副旅长许世友、769团团长陈锡联、770团副团长胡奇才、771团团长徐深吉、参谋长黄新友、772团副团长王近山、教导团团长张贤约、115师教导大队大队长胡大荣、特务团团长吴世安、第686团政治委员刘西元、东进抗曰挺进纵队司令员兼政治委员肖华、第5支队支队长曾国华、第6支队兼太西军分区支队长何光宇、政治委员张北华、第4大队政治委员王凤鸣、120师358旅副旅长李井泉、715团副团长顿星云，政训处主任黄延卿、716团团长宋时轮、359旅副旅长王震、718团团长文年生、教导团团长彭绍辉总计25名军政干部调往内蒙古军区，但是具体怎样安排这些人中央并未作指示，只是让韩云华自己酌情安排，同时给了内蒙古军区75个到延安学习的名额。
拿到这份名单后韩云华也傻眼了，这份名单中单单后世大将就有好几个，抗战胜利后这些最少都是个少将，根本就没有少将以下的，像肖克、王维舟、陈锡联、李井泉、宋时轮等人更是共和国历史上鼎鼎有名的军中元老，再加上罗荣桓这位后世十大元帅中的军神，韩云华自己都不知道该怎样安排他们这些人了。
但是韩云华也知道部队整编刻不容缓，不管怎么说这些人都是党中央安排下来的，再加上这一次整编部队的编制又多出好几个师旅来，高级干部原本就缺少，原本军区的那些师长政委都是临时的，撤了也就撤了，党中央这次虽然说本意是为了“掺沙子”，但是在韩云华看来党中央是帮了他的大忙了。
经过军区高层讨论后决定，韩云华不再担任整编第300师以及教导师师长的职务，全军的十二个步兵师除了整编第300师和读力77师的番号不变外，剩下的全部改变成内蒙古军区野战师,具体的军政干部的安排如下：
整编第300师师长杨成武、政治委员宋时轮、副师长兼政训处主任胡奇才。
读力77师师长陈赓、政治委员陈锡联、副师长兼政训处主任徐深吉。
野战一师师长王维舟、政治委员姜云衫、副师长兼政训处主任黄新友。
野战二师师长肖华、政治委员王剑、副师长兼政训处主任王近山。
野战三师师长王震、政治委员张明亮、副师长兼政训处主任王志福。
野战四师师长李井泉、政治委员曾国华、副师长兼政训处主任吴世安。
野战五师师长李大勇、政治委员王凤鸣、副师长兼政训处主任李家祥。
野战六师师长许世友、政治委员张北华、副师长兼政训处主任刘西元。
野战七师师长何光宇、政治委员彭绍辉、副师长兼政训处主任顿星云。
野战八师师长郭卫东、政治委员黄延卿、副师长兼政训处主任文年生。
骑兵一师师长傲烈格、政治委员李烈光。
骑兵二师师长胡敖曰格勒、政治委员蒋光烈。
骑兵三师师长童家勇、政治委员王志勇。
骑兵四师师长鲁江、政治委员许世国。
炮兵一旅旅长李保国、政治委员王家梁。